Aún y cuando la evidencia existente muestra que el continente americano fue habitado aproximadamente 40,000 años A. C., la presencia de nativos en Costa Rica no está fechada sino hasta mucho después, alrededor del 12,000 años A. C. Inicialmente, el hombre primitivo en Costa Rica era cazador y recolector; alrededor del período entre 8,000 y 4,000 años A. C. algunos grupos nomádicos empezaron a asentarse en el área y comenzaron prácticas agrícolas.
Estando ubicada en una posición estratégica, en una masa de tierra que sirvió de puente entre Norteamérica y Suramérica, Costa Rica fue influenciada por diferentes cosechas, costumbres y productos. Las prácticas agrícolas en el área del Atlántico estuvieron sujetas a la influencia suramericana (el cultivo de tubérculos fue una actividad principal) mientras que las áreas del noroeste (sujetas a la influencia Mesoamericana) estuvieron más dedicadas a la plantación de granos.
La mejora de las prácticas agrícolas significó el decrecimiento de las tendencias nomádicas, lo que causó avances en el desarrollo cultural y social. La figura del cacique dominó la jerarquía política, y cada tribu estuvo liderada por una de dichas figuras. Dichas tribus tuvieron un buen nivel de participación en el comercio, con las tribus del Atlántico y del Sur negociando con Panamá y los países de Suramérica, mientras que en Guanacaste el comercio se dio con otras culturas de Centroamérica y México. Algunos de los objetos comúnmente comerciados eran: sal, cacao, plumas de quetzal y tintes naturales.
Para el tiempo en que Colón arribo por primera vez en 1502, lo que ahora es Costa Rica estaba habitado por aproximadamente 40,000 personas nativas, divididas en dos áreas básicas de influencia cultural: a)- los grupos bajo la influencia Mesoamericana (Mayas y Aztecas) y b)- los grupos bajo la influencia suramericana. Siendo un punto de encuentro de ambas influencias culturales, se dio mucho tránsito y comercio que causó una gran variedad de contenidos culturales.
A pesar de la diversidad cultural en estas tierras, la región no fue tan avanzada como las civilizaciones de Suramérica y las de México y Guatemala. El poco desarrollo de infraestructura fue de hecho una de las características del área. Los exploradores que llegarían luego de Colón, no encontraron imperios como aquellos de los Aztecas, Mayas e Incas. Solo encontraron tribus dispersas que estaban escasamente conectadas o totalmente fragmentadas. La región estaba en un período en el cual comenzaba a despertar ante mayores desarrollos. Aparte de los ataques menores de los nativos, las enfermedades tropicales y las dificultades del terreno fueron los únicos retos que los conquistadores encontraron.
La conquista de Costa Rica no fue en forma alguna similar a la de las principales áreas circundantes, y en consecuencia no requirió de mayor planeación como la requerida por Pizarro y Cortés en México y Perú.