Para finales del siglo XVI el proceso de poblamiento de las áreas al oeste de Cartago comenzó, y de ahí en adelante la colonización de la Provincia de Costa Rica continuó durante los siglos XVII y XVIII, aun ritmo más bien lento. Siendo una tierra carente de metales preciosos y otros recursos valuables, Costa Rica era un lugar más bien pobre.
El período colonial en Costa Rica fue diferente al de otros países. Los colonos tuvieron que trabajar ellos mismos y plantar lo que comían, debido a que la mano de obra nativa era escasa y la situación económica era bastante pobre. Dicha escasez afectó aún a la moneda, la cual en ocasiones debía ser sustituida con el equivalente nativo de granos de cacao. Para el final del siglo XVIII la primeras semillas de café son introducidas al país.
A comienzos del siglos XIX Costa Rica era parte de la Capitanía General de Guatemala, la entidad administrativa a cargo de las tierras de América Central.