El proceso de la conquista de Costa Rica y el dominio de las tribus nativas se divide normalmente en dos fases. La primera fase comienza en 1522 con las exploraciones iniciales hechas por Andrés Niño y Gil González Dávila, quienes navegaron a lo largo de la costa Pacífica del país hasta Nicaragua.
En 1524 el primer asentamiento, llamado Villa Bruselas, fue establecido en la actual área de Guanacaste; fue abandonado unos años después. La segunda fase comienza en 1540 cuando Carlos V, Rey de España, le otorga el título de Gobernador de la Provincia de Cartago y Costa Rica a Diego de Gutiérrez, quien en 543 funda el pueblo de Villa Santiago en la costa Atlántica cerca del Río Suerre, y después en 1544 funda el pueblo de San Francisco unos treinta kilómetros tierra adentro. Ambos pueblos fueron desmantelados luego de su muerte ese mismo año.
En 1561, Juan de Cavallón y Juan de Estrada Ravago comenzaron de nuevo el proceso de la conquista con exploraciones en el lado Atlántico y en el área de Guanacaste, y después en el Valle Central donde fundaron Garcimuñoz. Para 1562 Juan Vásquez de Coronado es nombrado como nuevo Gobernador y traslada el pueblo de Garcimuñoz al Valle de Guarco y le cambia su nombre a Cartago. En 1601 el primer Camino Real es establecido con Panamá.